如前述，印度之密教思想果是自太古至後世漸次發達形成。那麼亦須論及婆羅門密教與祕密佛教之同異點，尚要補述兩密教變遷的不足。凡兩密教都是由單純的方法，漸次變成複雜而各自經其變遷之結果。但概而言之，用其印契、儀式、念誦密咒、供諸供物與自己信奉之神格，是兩者都一致的思想。只有發達的祕密佛教用其佛教特有思想，特別應用印契、密咒(因印契是一面將所崇拜之神格與他發生特別活動的表現，於畫像或雕刻所表現邊，用崇拜此神格的虔誠的精神，以一定之法則來表現出來外部，使兩者相關聯而起。換言之，即神格之特質的活動與其崇拜者之敬虔的精神以手指來標幟之，如啞人之一定手勢來表示思想一樣)。

尚此兩密教之內容而言，婆羅門教一般的終極之目的是生天，但其密教的方法是完全發達於禳災的神祕力之表現，滿足現世的種種慾望之修法。然祕密佛教中，一般雜部密教思想是如《一字頂輪王經》說，一面依佛教的祕密修法能滿足現世的慾望表示佛智之廣大，令信者漸次歸入佛教為目的。他一方面「同經」第一「依法持禁戒」、「一心憶持咒識咒三摩地」、「出生及成就種種證相法，證法咒成已破滅生死家所願皆圓滿不久獲菩提」說，修此密法直接可到達佛果。言依其修法必得神格本尊之加持力達成目的，其修法之各種儀式所作，只是信仰對象具有一種他力意味，對於佛教之本旨之斷惑證真尚未表現。但是純部密教而言，與雜部密教亦有相同之點外，還有其修法之自力向上的修養法之其一一儀式所作，都有標幟着佛教之本旨的斷惑證真意義。換言之，身(印契：行為(口)密咒：言語(意)其言語行為所意起之精神狀態)一致相應表示與佛相融的境界之修法。可見婆羅門密教與祕密佛教之同異勿論，於佛教中之純、雜兩部之密教亦有同異之點是不可忽視的，後來在護摩修法之一節之說明中就可以明瞭。

(節錄自《秘密佛教護摩》)

如第一章所說，禪門的要道是單純的一條路，人道卽佛道，生死卽湼槃，娑婆卽淨土，煩惱卽菩提，無論何事都是唯一一條路，此一條路，高祖大師叫做一法究盡，《維摩經》曰「不二法門」。哲學家曰：「一元論」。依此開出七個不二法門來談禪的大要，第一：所謂身心不二，卽是吾人的身體與精神是同一物之兩方面，亦卽沒有身體就是沒有精神，沒有精神就沒有身體的道理，然世人都以為精神與身體是各別獨立的東西，由我們的祖先傳下的傳說與思想習慣的情力感染，都認定身體與精神是二物的惡癖，無法拔除，這就是所謂惑。據人類學者研究的結果，人類在地球上出現大約有二十五萬年之久，至今還迷惑於身心別體的觀念，喜歡着奇妖怪譚荒唐不稽之幻覺，由此生出苦惱，乃是人類最悲哀的事情，普佛教說色心不二，色是指礙性之物，卽能填塞空間的質，心是指慮知念覺的精神，故色心不二是物質與精神同一體。吾們所說：身心不二亦相同，吾們在此身心不二之理，擬依各方面來論證，併以可及的常識求理解作為證據，起先由生理及心理上來觀察時，吾們的精神活動，都是依大腦之灰白層的生理活動而已，此外斷然沒有起動精神之處，其次就感覺來看，聽覺之中樞是發現在大腦的側面，視覺之中樞是發現在後頭葉，嗅覺之中樞是在大腦側面，聽覺之中樞是在正中的回轉，這是學者已經確定的事實，概之感覺中樞位於後部，且感覺有連合而發生觀念，腦之各中樞有纖維之聯結，呈其共動的可能性。

(節錄自《禪的講話》)

我們出世為人，知道了這些原理，但為什麼仍會煩惱呢？煩惱是什麼？若我們也明瞭了，就絕對不會再起煩惱，煩惱因無明故。為著區區的身軀，因有神經系統故知道痛；有精神慾望的需求，才有一個自我的愛，有自我的愛故變成自私；因自私故便排斥他人，為了要排斥他人保護自己起見，就生出了鬥爭與排他與擁護自我的微妙思想，這種自私的思想便是煩惱。怕被人爭取，所以我們不肯便宜他，便起煩惱，故一切煩惱皆是自私所生，自私沒有了，就沒有煩惱了。自私有內自私及外自私，保護自己的身體是內自私。對大眾有利的，如我希望這個鄉里好，還是外自私。希望一國好，希望地球好，這也是外自私。地球以外，若所有星球我都要它們好，這就不能說是自私了。我們愛一個鄰，愛一個里，愛一個區，愛一個縣，愛一個市，愛一個國，這都是外自私。但還有自私，人類若無自私，地球上就沒有戰爭了。因為我要保護我的教徒，你要保護你的教徒；我要保護我的國家，你要保護你的國家；你要爭取我，我要爭取你，大家就有了防衛性，就起了矛盾。大家心理都有自私，自私或大或小，但都是自私。打破自私就沒有地球、國、村、里等小氣度的觀念，就成了大宇宙的觀念，大宇宙的觀念原理是來自大宇宙。觀念與大宇宙恰好平衡，合了，這個人就昇華成法身佛了，即悟到大法身的法身佛了。我們現此時對不知道的東西強要知道，用比喻，用種種語言功夫來探視此大宇宙是如何的，這不只是在探索地球，若只把精神放在地球或某個國家或某個人的這種觀念，那就是自私。若把一個如微塵般的人看成與宇宙一樣大，用我這粒微塵來作研究，把這一粒小微塵放到與宇宙一樣大的觀念時，那你就進入了法界身。這個法身讓我們生起那麼多的煩惱，這些煩惱要如何化除呢？這就是修行的科目。宗教為了爭取信徒，教人拜拜或是保佑之類的，就會產生自私。來光明王寺，求菩薩保佑你的孩子好養育，考試及格......，如此才會有人來拜，但這只是宗教手段。真正信宗教的人並非這樣，是要在宗教團體中研究如何突破，如何解除煩惱，如何才能相同於宇宙身。我們本來就與宇宙相同的多，因為自私故把自己放入了殼裡，因此要打破「黑漆桶」，為了要打破，故大家才來研究，突破了之後就能見到什麼嗎？無話可說。禪宗叫真如本性、一真法界、法界體性、如來、佛......，只是很多的言詞。

(節錄自《肇論講記》)